Desta forma, na fístula existem três aspectos importantes a saber: a origem da fístula ou orifício interno, localizado dentro do ânus, o trajeto que a fístula faz até sua exteriorização e finalmente a sua saída ou orifício externo.
O tratamento das fístulas anais é sempre cirúrgico com a abertura do orifício externo, trajeto e orifício interno. O grande problema além das recidivas, geralmente causados por loja de abcessos não localizados durante o ato pós operatório, é o da lesão destes músculos responsáveis pelo controle das fezes. Realmente a cirurgia das fístulas anais é o mais complexo dos tratamentos das cirurgias anais e não importa o conhecimento do cirurgião proctologista da região; pois muitas vezes existe uma lesão que pode variar de mínima ou até total desta musculatura anal, levando a prejuízos da continência das fezes, isto é, pode haver comprometimento do controle das fezes.